AAIndex

class pyopenms.AAIndex

Bases: object

Cython implementation of _AAIndex

Original C++ documentation is available here

__init__()

Methods

__init__()
acidic(self, aa)
aliphatic(self, aa)
basic(self, aa)
calculateGB(self, seq, T)
getARGP820102(self, aa)
getFAUJ880111(self, aa)
getFINA770101(self, aa)
getKHAG800101(self, aa)
getNADH010106(self, aa)
getNADH010107(self, aa)
getOOBM850104(self, aa)
getROBB760107(self, aa)
getVASM830103(self, aa)
getWILM950102(self, aa)
polar(self, aa)

acidic(self, aa: bytes) → float

aliphatic(self, aa: bytes) → float

basic(self, aa: bytes) → float

calculateGB(self, seq: AASequence, T: float) → float

getARGP820102(self, aa: bytes) → float

getFAUJ880111(self, aa: bytes) → float

getFINA770101(self, aa: bytes) → float

getKHAG800101(self, aa: bytes) → float

getNADH010106(self, aa: bytes) → float

getNADH010107(self, aa: bytes) → float

getOOBM850104(self, aa: bytes) → float

getROBB760107(self, aa: bytes) → float

getVASM830103(self, aa: bytes) → float

getWILM950102(self, aa: bytes) → float

polar(self, aa: bytes) → float